Las herramientas genómicas que nuestro laboratorio ofrece están dirigidas hacia aplicaciones que van desde la secuenciación de novo, secuenciación de transcriptomas y perfiles de expresión, secuenciación de exomas, mediante el uso de las plataformas de Ilumina NextSeq 550.  

El Sistema NextSeq 550  combina el uso microarreglos con la tecnología de secuenciación en un mismo equipo. La cantidad y alta calidad de los datos que genera y su precisión hacen que sean el sistema ideal para proyectos de secuenciación masiva.

Posee una capacidad de generación de datos de 120 Gb en modo High Output y 40 Gb en Mid Output.

• Secuenciación del genoma humano (2 x 150 pb) en 30 horas y 1 exoma (2 x 75 pb) en 18 horas.
• Lecturas paired-end con calidad esperada de Q30 (1 error cada 1000 bases) para más del 75% de las bases leídas durante la secuenciación de fragmentos de 150 pb.

 

¿Qué tener en cuenta para planificar su secuenciación masiva?

Kit de preparación de librería: Corresponden a los reactivos necesarios para modificar el material de inicio, ya sea ADN o ARN, para la secuenciación, añadiendo adaptadores e índices y, en algunos casos, seleccionando fragmentos específicos como en estudios de paneles o mRNA. Estos kits son compatibles con la mayoría de los equipos de secuenciación.

Para más información, Illumina cuenta con un asistente online de selección de kits de creación de librerías:
http://www.illumina.com/library-prep-array-kit-selector.html

 

Kit de reactivos de secuenciación o core Kit:  Son exclusivos de cada equipo y para el NextSeq 550 hay dos tipos de kits, de alto y mediano rendimiento.  Los core kits solo se utilizan una vez , por lo que es importante diseñar estudios en los que se utilice al máximo su capacidad. El precio por muestra dependerá de esto.

Para más información, Illumina cuenta con un asistente online de selección de core kits para todos sus equipos.
http://support.illumina.com/downloads/sequencing_coverage_calculator.html

Recommended experimental configurations

Estudio	Alto rendimiento (número de muestras realizables)	Mediano rendimiento (número de muestras realizables)
Genoma completo (humano) 3300 Mb	1 (300 ciclos/30X)	1 (300 ciclos/10X)
Genoma completo pequeño 130 Mb	30 (300 ciclos/30X)	10 (300 ciclos/30X)
Exoma completo (humano)	9 (>10X en >90%)	3 (>10X en >90%)
Expresión génica (RNA)	40 (75 ciclos)	13 (75 ciclos)
mRNA seq	16 (150 ciclos)	4 (150 ciclos)
Total RNA seq	8 (150 ciclos)	2 (150 ciclos)
Paneles de enriquecimiento de 120Mb	36 (>20X en >95%)	12 (>20X en >95%)
Todos estos parámetros son sacados de información publicada por Illumina y consideran errores internos y duplicaciones de material por lo que podrían no calzar con lo entregado con el coverage calculator hecho manualmente (ver sección Core Kits)

 

Para cotizaciones, consultas y solicitudes, contáctenos:

Laboratorio Chilegenómico