La genómica de la población chilena: caracterización genética necesaria para la investigación biomédica, la salud pública y la medicina forense
Resumen de Proyecto
Aunque los registros históricos nos dicen que la población de Chile fue fundado por la mezcla de las poblaciones amerindias locales y la colonización de los españoles, la composición ancestral real del genoma de los chilenos no se ha estudiado de forma sistemática. En realidad, se espera la composición genómica de los chilenos actuales es mucho más complejo, con múltiples grupos étnicos que contribuyen en diferentes momentos desde el contacto inicial entre los americanos y europeos. El objetivo general es caracterizar la composición genética ancestral de la población chilena utilizando marcadores informativos de ascendencia en todo el genoma en un panel de 500 individuos. Además, seleccionaremos 100 SNPs informativos para determinar el genotipo de 2500 personas de 12 comunas de la ciudad que cubren las regiones más pobladas de Chile. Este estudio permitirá una descripción detallada de la composición genómica de los chilenos y le ayudará a mejorar nuestra comprensión de su herencia genética. Esta información será fundamental para el diseño de protocolos de investigación biomédica que da cuenta de la diversidad de la población chilena.
Fondos
Proyecto financiado por FONDEF D10I1007. 2012-2014: «La genómica de la población chilena: caracterización genética necesaria para la investigación biomédica, la salud pública y la medicina forense».
Objetivos
- Identificar un panel de marcadores de linaje informativo que puede distinguir entre el genoma de los chilenos amerindia y ascendencia europea.
- Caracterización de la composición amerindia / Europeo de la población chilena según la ubicación geográfica y las variables socioeconómicas.
Muestreo
ADN se obtuvo de donantes de sangre en cada una de las cinco ciudades en Chile: Arica, Coquimbo, Santiago, Concepción y Temuco. En cada ciudad, se reclutaron 250 individuos de cada uno de los dos hospitales. En Santiago, vamos a probar 2 hospitales adicionales, proporcionando un total de 3000 individuos. Cada persona proporcionó un formulario de consentimiento informado que describe el objetivo y la naturaleza del estudio, así como una encuesta con preguntas demográficas y socioeconómicas.
Descubrimiento de SNP
Entre las 3.000 personas, 30 serán seleccionados con 2-4 apellidos de origen indígena, 15 mapuche y 15 aymara. Su ADN se secuenció por la tecnología NGS para descubrir SNPs y indeles cortos no están presentes en dbSNP. Esta información, además de la información disponible en bases de datos públicas serán utilizados para construir un panel de 1.500 de marcadores de linaje informativo (AIMS), es decir, polimorfismos con grandes diferencias en las frecuencias genéticas entre los amerindios y europeos.
Genotipado de alta densidad
Vamos a diseñar una matriz de genotipificación personalizada o seleccionar una plataforma disponible en el mercado con la representación de los objetivos anteriores etiqueta SNPs seleccionados o correspondientes en proximidad. Un panel de 1.500-800K SNPs se genotipo en una muestra de 500 individuos. Esta información será utilizada para calcular los parámetros relevantes para describir el nivel de mezcla de los chilenos, tales como el porcentaje promedio de ascendencia, desequilibrio de ligamiento, número de generaciones desde la mezcla, y el número de haplotipos que son privadas o en común con las poblaciones de otras regiones del mundo.
Genotipado de baja densidad en la muestra más grande
Un panel de 100-150 SNPs se selecciona de entre el panel de alta densidad que maximiza la capacidad informativa de ascendencia y la cobertura del genoma. Este panel se genotipo mediante una tecnología de bajo rendimiento, por ejemplo, qPCR, en el resto de 2.500 individuos. Esto permitirá caracterizar la diversidad de la ascendencia y la composición genómica de los chilenos en todas las regiones, ciudades y variables socioeconómicas.
